Feature article
Bibliothèques
et informatique médicale: construction d'un site de
"Médecine Basée sur des Preuves"
Catherine Delvenne et Françoise Pasleau
Bibliothèque de la Faculté de Médecine, Centre Hospitalier Universitaire, Liège,
Belgique
abstract - intro-1 - intro-2
description - critères - choix - éditeur - programme (b) - programme (c)
conclusions - bibliographie
Abstract
Les cliniciens sont confrontés à la gestion d'une quantité croissante d'informations
de qualité variable. Pour les aider à aborder cette littérature, un prototype de site
de "Médecine Basée sur des Preuves", consacré à l'étude des marqueurs
tumoraux du cancer de la prostate et réalisé à la Bibliothèque de la Faculté de
Médecine de l'Université de Liège, leur est proposé. Il s'agit pour les bibliothèques
de servir de lien entre le secteur de la recherche et celui de la pratique clinique en
développant des outils qui vont permettre aux praticiens d'accéder directement aux
meilleures preuves issues de la recherche.
1. Introduction
En étant dépositaires des informations issues de la recherche biomédicale, les
bibliothèques occupent une position privilégiée entre le monde des chercheurs et celui
des cliniciens. Le transfert des connaissances repose de plus en plus souvent sur des
outils électroniques de sorte que idéalement, le documentaliste doit posséder une
double compétence, dans la discipline d'une part et en informatique d'autre part. Il
devient dès lors capable de participer activement au développement de nouveaux produits.
C'est dans ce contexte que la Bibliothèque de la Faculté de Médecine de
l'Université de Liège a récemment initié un programme de recherche en informatique
médicale.
L'objectif précis est de construire un site Web de "Médecine Basée sur des
Preuves", consacré au problème du diagnostic et du pronostic du cancer de la
prostate.
Les objectifs généraux sont de créer à la bibliothèque un centre de référence en
matière d'édition sur le Web et de promouvoir la pratique de la médecine factuelle,
dans l'espoir d'installer un véritable partenariat entre la bibliothèque et les services
cliniques.
L'objectif à long terme est de participer activement à l'enseignement de la médecine
basée sur des preuves.
Les pages qui suivent comprennent une introduction rapide à la médecine basée sur
des preuves, une description du site et des critères de qualité retenus et surtout une
revue des logiciels utilisés.
2. Introduction à la "Médecine Basée sur des Preuves"
La "Médecine Basée sur des Preuves" ou EBM pour "Evidence-Based
Medicine", qui désignait, au départ, une stratégie d'apprentissage des
connaissances cliniques (1), fait maintenant partie intégrante de la pratique médicale.
Elle consiste à baser les décisions cliniques, non seulement sur les connaissances
théoriques, le jugement et l'expérience qui sont les principales composantes de la
médecine traditionnelle, mais également sur des "preuves" scientifiques, tout
en tenant compte des préférences des patients (1). Par "preuves", on entend
les connaissances qui sont déduites de recherches cliniques systématiques, réalisées
principalement dans le domaine du pronostic, du diagnostic et du traitement des maladies
et qui se basent sur des résultats valides et applicables dans la pratique médicale
courante (1). Les études cliniques considérées sont des essais contrôlés randomisés,
des méta-analyses, mais aussi des études transversales ou de suivi bien construites
lorsqu'il s'agit d'évaluer un test diagnostique ou de pronostiquer l'évolution d'une
maladie (2).
Le concept de "Médecine Basée sur des Preuves" a été créé par des
épidémiologistes canadiens de la McMaster Medical School au début des années 1980 (3)
puis adopté par la Cochrane Collaboration.(4; 5).
La "Médecine Basée sur des Preuves" est une démarche en quatre étapes (6)
dont sont inspirées, notamment, les grilles de lecture proposées dans les "Users'
Guides to the Medical literature" (3), à savoir:
i. la formulation claire et précise d'une question clinique à partir d'un problème
clinique donné;
ii. la recherche d'articles pertinents dans la littérature (quel article lire ?);
iii. l'évaluation systématique de la validité et de l'intérêt des résultats et
l'extraction des preuves qui sont à la base des décisions cliniques (quel article croire
?);
iv. l'intégration de ces preuves dans la pratique médicale courante afin de répondre
à la question posée au départ.
En aucun cas, ces "preuves" ne peuvent remplacer le jugement et l'expérience
du médecin, ce qui explique que la "Médecine Basée sur des Preuves" complète
la pratique médicale traditionnelle mais ne la remplace pas (2). Elle se traduit par une
augmentation des connaissances individuelles conduisant à des pronostics, diagnostics et
traitements plus efficaces, ainsi qu'à une attitude plus adaptée vis-à-vis de la
situation difficile du patient et des préférences de celui-ci concernant son traitement
(1). Elle a pour mission d'aider les cliniciens à suivre les développements récents de
la médecine.
3. Description du site consacrés
aux marqueurs tumoraux du cancer de la prostate.
L'objectif de ce projet est de mettre à la disposition du clinicien une base de
données contenant les informations utiles pour évaluer le pronostic des tumeurs de la
prostate et adopter la stratégie thérapeutique la plus adaptée et la plus bénéfique
pour le patient.
Ce travail est mené en collaboration avec les laboratoires d'Anatomie Pathologique et
de Chimie Médicale de l'Université de Liège.
En pratique, chaque protocole de résultats issu de ces services donnera l'adresse du
site, ainsi qu'une note explicative du projet.
Au départ d'une page d'accueil, une série de liens "hypertexte" guidera le
médecin vers différents types d'information:
i. un modèle de la cancérogenèse prostatique montrant les variables du système, à
savoir dans le cas présent, une série marqueurs tumoraux reconnus ou potentiels ainsi
que les relations existant entre ces marqueurs et la progression du processus cancéreux;
ii. une introduction à la "Médecine Basée sur des Preuves";
iii. une bibliographie exhaustive des marqueurs tumoraux de la prostate, triée en
fonction du modèle;
iv. des guides d'évaluation critique de la littérature, incluant les "Users'
Guides to the Medical Literature" publiés dans le JAMA entre 1993 et 1998, ainsi que
des explications sur les statistiques médicales;
v. un bilan de la littérature sous forme de "fiches standardisées de
présentation des preuves ", de manière à mettre en évidence les nouvelles
connaissances et orientations dans le domaine; comme les études publiées sur les
marqueurs tumoraux sont souvent contradictoires et arrivent rarement à des stades de
validation, il sera nécessaire de développer une démarche de sélection et d'analyse
des informations selon le principe de la méta-analyse qualitative (7; 8), utilisée pour
synthétiser des études entre lesquelles il existe une grande variabilité; les données
cliniques et les résultats pertinents seront présentés sous forme de résumés
structurés;
vi. des informations sur les protocoles thérapeutiques en cours;
vii. des informations destinées aux patients, puisqu'il a été démontré que
l'information donnée aux patients pouvait avoir un impact favorable sur l'évolution de
leur maladie.
4. Critères de qualité d'un site Web
Le format hypertexte et l'Internet sont un moyen idéal d'accès et d'utilisation de
données destinées à être régulièrement remises à jour. Il est important de
respecter les recommandations développées par OMNI (9), Wyatt (10) et Silberg (11),
généralement admises comme critères de qualité de l'information de santé fournie sur
l'Internet.
Ces critères de qualité sont repris ci-dessous:
* crédibilité: identification correcte de la source, de la cible du site Web, de la
pertinence et de l'utilité du site, de la référence de l'institution, de l'expertise
des auteurs, de la présence d'un comité éditorial, des conflits d'intérêt éventuels
et de la date de dernière mise à jour;
* contenu: présentation des données les plus fiables en suivant les principes de la
"Médecine Basée sur des Preuves" quand c'est possible; intégration dans le
site d'un moteur interne de recherche, d'un sommaire, d'une rubrique "quoi de
neuf?" et d'une page d'aide; notation des omissions et des exclusions;
* liens hypertexte: mise à jour des liens internes et externes qui amènent tous à
des pages terminées;
* présentation du site (design) favorisant l'accès au plus grand nombre
d'utilisateurs;
* interactivité: possibilité d'envoyer des commentaires;
* aspects quantitatifs: génération de statistiques d'utilisation du site de manière
à évaluer sa popularité et indirectement sa qualité;
* aspects déontologiques: information fournie scientifiquement exacte, exhaustive,
actualisée, fiable et intelligible.
5. Choix des outils informatiques utilisés pour la
création du site
Les logiciels ont été choisis en fonction d'une double contrainte:
- offrir un maximum de performance tout en restant faciles à utiliser;
- fournir le format le plus transparent possible pour l'utilisateur au niveau de la
navigation dans le site et de l'accès aux bases de données.
5A. Éditeur HTML FrontPage98 (Microsoft)
Les petits éditeurs disponibles gratuitement sur l'Internet présentent deux
inconvénients majeurs: un manque de convivialité et une programmation en HTML non
automatisée qui occasionne une perte de temps considérable.
Le programme Microsoft FrontPage98 présente par contre de nombreux avantages. Il est
composé d'un système "Explorateur" qui permet la gestion des fichiers du site
et d'un "Éditeur" de type WYSIWYG (What You See Is What You Get) qui prend en
charge la création des codes HTML pour la réalisation des pages du site. Il contient
également un éditeur d'images qui permet de retoucher facilement différents types
d'images et de les convertir aux formats GIF ou JPEG qui sont les deux formats en usage
sur l'Internet.
L'"Explorateur" est l'outil qui apporte un plus par rapport aux autres
éditeurs HTML, dans la mesure où il prend en charge un maximum de fonctions:
i. gérer le téléchargement des pages sur le serveur http qui héberge le site, avec
la possibilité de copier uniquement les dernières pages modifiées (commande
"Publier le site Web FrontPage");
ii. gérer facilement les fichiers du site (deux modes possibles: mode
"Dossier" et mode "Tous les fichiers");
iii. visualiser les filiations entre les différentes pages du site (mode
"Navigation");
iv. visualiser les liens hypertexte qui pointent vers une page donnée et ceux qui
pointent de cette page vers d'autres pages du site et les sites extérieurs ("Liens
hypertexte");
v. vérifier automatiquement les liens hypertexte internes et externes au site
(commande "État des liens hypertexte");
vi. gérer automatiquement les liens hypertexte: en cas de changement d'un nom de
fichier, il met à jour automatiquement les liens hypertexte qui y font référence;
vii. utiliser des thèmes qui permettent d'ajouter des éléments de page graphiques,
tels que des puces et des arrière-plans;
viii. réaliser automatiquement une série de tâches, telles que la vérification
automatique de l'orthographe; la recherche et le remplacement d'un mot dans toutes les
pages;
ix. utiliser des bordures partagées pour faire apparaître les mêmes mentions sur
chaque page du site (par défaut) ou sur la page active uniquement.
La partie "Éditeur" correspond à un éditeur de type WYSIWYG qui permet de
gagner du temps dans la réalisation des pages HTML. Il facilite un certain nombre de
fonctions et permet entre autres de:
i. créer des pages de format prédéfini: accusé de réception, assistant création
de formulaire, bibliographie;
ii. réaliser aisément des liens hypertexte et des ancres;
iii. créer et gérer automatiquement des formulaires;
iv. créer un moteur interne de recherche au niveau du site qui permet de retrouver
n'importe quelle information publiée sur celui-ci;
v. créer rapidement des tableaux et des pages de cadres;
vi. insérer facilement des images avec possibilité de changer le contraste ou la
luminosité;
vii. gérer aisément des listes numérotées, des listes à puces;
viii. utiliser des fichiers volumineux;
ix. introduire automatiquement les dates de dernières mises à jour;
x. construire rapidement le sommaire du site;
xi. introduire des éléments actifs, tels que du texte défilant, des enchaînements
d'images, un compteur d'accès;
xii. corriger l'orthographe de la page en cours.
5B. Programme de gestion des
références bibliographiques: Reference Manager ("Research Information System"
ou RIS: http://www.risinc.com/ )
Il s'agit d'un programme de gestion de références bibliographiques qui possède un
certain nombre de fonctions permettant de:
Construire une base de données bibliographiques:
i. récupération de citations d'un grand nombre de bases de données bibliographiques
fournies sur différents supports (CD-ROMs ou bases de données en ligne via l'Internet)
grâce à la présence d'un grand nombre de filtres différents. Ces filtres peuvent être
modifiés en fonction des besoins;
ii. entrée manuelle des citations;
iii. connexion possible à une page Web en cliquant sur l'adresse éventuellement
présente dans le champ "Web/URL";
iv. possibilité de copier des références d'une base de données à l'autre;
v. assignation automatique de mots-clés par le programme.
Rechercher des références et générer une bibliographie:
1. création de stratégies de recherche avec possibilité de les sauvegarder;
2. recherches réalisées à travers plusieurs bases de données;
3. visualisation des résultats de la recherche;
4. création d'une bibliographie à partir d'une liste de références;
5. création d'une bibliographie en langage HTML;
6. création d'un dictionnaire de synonymes pour les champs des auteurs, des mots-clés
et des journaux;
7. exportation des citations dans le format correspondant au journal ("Output
Style") où l'article doit être soumis: possibilité d'utiliser un style existant
("Open Output Style") ou de créer son propre style ("New Output
Style").
Préparer une bibliographie à partir des éditeurs de texte
Word ou WordPerfect.
Il est possible de personnaliser l'installation de "Reference Manager" de
manière à établir un lien avec les éditeurs Word et WordPerfect. Les citations sont
insérées dans le texte directement à partir de la base de données. La bibliographie
est automatiquement mise en page et toute modification apportée au texte se répercute
dans l'ordre d'apparition des citations. Il est en outre possible d'éditer les
références dans un style imposé par les éditeurs ("Output Style").
Avantages: Reference Manager présente de nombreux avantages par
rapport à des bases de données non bibliographiques de type File Maker Pro ou Access. En
effet, pour importer des citations de Medline ou d'ailleurs dans ce type de bases de
données non spécialisées, il est nécessaire de retravailler préalablement les
citations dans un programme de traitement de texte de manière à délimiter les
différents champs. Cette étape supplémentaire entraîne des erreurs et une perte de
temps considérable. Par contre, l'importation de références avec des produits ad hoc
comme Reference Manager est quasi instantanée, grâce à la présence de filtres
spécifiques.
Voici quelques exemples de filtres à utiliser pour les bases de données suivantes:
Bases de données |
"Output Format" de la base de données |
Filtre correspondant dans Reference Manager =
" DEFINITION NAME " |
Medline (OVID CD-ROM) |
Reprint |
OVID CD(REPRINT) [FJ] |
Medline (OVID online) |
Reprint/Medlars |
OVID ONLINE(REPRINT) [FJ] |
Medline (site PubMed) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ |
MEDLINE report (format texte) |
NLM MEDLINE |
Medline (site Internet Grateful Med) http://igm.nlm.nih.gov/
(Conseil: utiliser la commande " Download to Disk ") |
Tagged MEDLARS format (suitable for loading into reference
manager programs) |
NLM MEDLINE ou GRATEFUL MED-MEDLINE |
Medline (site BioMedNet) http://biomednet.com/home/
(Conseil: utiliser la commande " Sauvegarder " ou " Save
As " du navigateur après sélection du format) |
RIS (Reference Manager/ProCite) |
RIS FORMAT |
Medline (site Medscape) http://www.medscape.com/misc/
formmedlineInfLive.html |
(Text Format) |
Pas d'importation possible en raison de l'absence du filtre
adéquat |
Medline (site HealthGate) www.healthgate.com/HealthGate/MEDLINE/
search.shtml (Conseil: utiliser la commande " Download references for
importing into bibliographic management software " puis " Retrieve
Selected Documents ") |
- |
NLM MEDLINE |
Medline (site Infotrieve)
http://www.infotrieve.com/freemedline/
(Conseil: " View in Text Format ") |
(Text Format) |
Pas d'importation possible en raison de l'absence du filtre
adéquat |
Embase (OVID online) |
Reprint/Medlars |
OVID ONLINE(REPRINT) [FJ] |
Biosis Previews (OVID online) |
Reprint/Medlars |
OVID ONLINE(REPRINT) [FJ] |
Par rapport à un produit concurrent comme EndNote (firme "Niles Software
Inc.": http://www.niles.com/ ), Reference
Manager offre la possibilité de personnaliser le mode de visualisation et de sauvegarder
des stratégies de recherche.
De plus, Reference Manager (version 8.5) présente l'avantage majeur de pouvoir ouvrir
des bases de données de type EndNote et ProCite (firme RIS) en lecture seule et même de
les convertir en bases de données de type Reference Manager.
5C. Programme Reference Web Poster
(firme RIS) qui permet de publier des bases de données bibliographiques sur l'Internet
La firme RIS a développé une interface appelée Reference Web Poster qui permet
d'interroger au départ du Web des bases de données de type Reference Manager, EndNote et
ProCite et de réaliser des recherches dans plusieurs bases de données simultanément.
Le grand avantage de Reference Web Poster est sa facilité d'utilisation. Il permet de
réaliser une recherche en mode simple ou avancé, de sélectionner les références
intéressantes de manière à pouvoir les imprimer ou les récupérer dans un programme de
gestion de références bibliographiques, comme Reference Manager, EndNote et ProCite.
Étant donné le choix du produit Reference Web Poster de la firme RIS pour publier les
bases de données bibliographiques sur l'Internet, il apparaissait également plus
judicieux de choisir le programme de gestion des références bibliographiques de la même
firme.
6. Conclusions
Ce projet consiste donc en un travail de recherche, d'analyse et de digestion des
informations sur le cancer de la prostate. L'objectif de ce travail, qui s'adresse à un
public de cliniciens, est de les aider à surmonter les barrières qui les empêchent de
consulter la littérature, de leur fournir les informations les plus fiables possibles en
suivant les principes de la "Médecine Basée sur des Preuves" et de faire
bénéficier les patients des derniers résultats de la recherche biomédicale.
Outre l'aspect analytique, le travail a consisté à exploiter une série d'outils
informatiques pour concevoir une structure de site Web offrant aux utilisateurs une
navigation facile et efficace:
* en réalisant toutes les pages de manière identique avec un sommaire en début de
chaque document qui amène directement au paragraphe via un lien hypertexte;
* en offrant une assistance maximale à l'utilisateur pour naviguer dans le site: page
d'aide, sommaire, moteur interne de recherche, possibilité de poser des questions;
* en présentant des liens intéressants vers des sites d'urologie, de cancérologie,
les bases de données Medline sur le Web, les tables des matières des journaux indexés
dans Medline;
* en résumant les documents volumineux sous forme de diapositives;
* en proposant la bibliographie sous forme de bases de données et non sous forme de
listes.
L'accès au site sera possible dans le courant du mois de janvier 1999 au départ de la
page d'accueil de la Bibliothèque de la Faculté de Médecine de l'Université de Liège:
http://www.ulg.ac.be/libnet/ud04.htm.
Bibliographie
1. Anonymous. Evidence-based medicine. A new approach to teaching the practice of
medicine. Evidence-Based Medicine Working Group [see comments]. JAMA. 1992;268:2420-5.
2. Rosenberg W, Donald A. Evidence based medicine: an approach to clinical
problem-solving [see comments]. BMJ. 1995;310:1122-6.
3. Sackett DL, Rosenberg WM, Gray JA, Haynes RB, Richardson WS. Evidence based
medicine: what it is and what it isn't [editorial] [see comments]. BMJ. 1996;312:71-2.
4. Sackett DL. The Cochrane Collaboration [editorial]. ACP Journal Club. 1994;120 Suppl
3:A11-Jun
5. Chalmers I. The Cochrane collaboration: preparing, maintaining, and disseminating
systematic reviews of the effects of health care. [Review] [14 refs]. Annals of the New
York Academy of Sciences. 1993;703:156-63.
6. Rosenberg WM, Sackett DL. On the need for evidence-based medicine. [Review] [22
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7. D'Agostino RB, Weintraub M. Meta-analysis: a method for synthesizing research.
[Review] [30 refs]. Clinical Pharmacology & Therapeutics. 1995;58:605-16.
8. Bland CJ, Meurer LN, Maldonado G. A systematic approach to conducting a
non-statistical meta-analysis of research literature. [Review] [14 refs]. Academic
Medicine. 1995;70:642-53.
9. OMNI (Organising Medical Networked Information). OMNI guidelines for Resource
Evaluation. URL: http://omni.ac.uk/agec/evalguid.html
10. Wyatt JC. Commentary: measuring quality and impact of the World Wide Web [comment]
[see comments]. BMJ. 1997;314:1879-81. URL: http://www.bmj.com/archive/7098ip2.htm
11. Silberg WM, Lundberg GD, Musacchio RA. Assessing, controlling, and assuring the
quality of medical information on the Internet: Caveant lector et viewor--Let the reader
and viewer beware [editorial] [see comments]. JAMA. 1997;277:1244-5. URL: http://www.ama-assn.org/sci-pubs/journals/archive/jama/vol_277/no_15/ed7016x.htm
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Last Updated March 22, 1999 by Suzanne
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