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Bibliothèques et informatique médicale: construction d'un site de
"Médecine Basée sur des Preuves"

Catherine Delvenne et Françoise Pasleau

Bibliothèque de la Faculté de Médecine, Centre Hospitalier Universitaire, Liège, Belgique

abstract - intro-1 - intro-2

description - critères - choix - éditeur - programme (b) - programme (c)

conclusions - bibliographie

Abstract

Les cliniciens sont confrontés à la gestion d'une quantité croissante d'informations de qualité variable. Pour les aider à aborder cette littérature, un prototype de site de "Médecine Basée sur des Preuves", consacré à l'étude des marqueurs tumoraux du cancer de la prostate et réalisé à la Bibliothèque de la Faculté de Médecine de l'Université de Liège, leur est proposé. Il s'agit pour les bibliothèques de servir de lien entre le secteur de la recherche et celui de la pratique clinique en développant des outils qui vont permettre aux praticiens d'accéder directement aux meilleures preuves issues de la recherche.

1. Introduction

En étant dépositaires des informations issues de la recherche biomédicale, les bibliothèques occupent une position privilégiée entre le monde des chercheurs et celui des cliniciens. Le transfert des connaissances repose de plus en plus souvent sur des outils électroniques de sorte que idéalement, le documentaliste doit posséder une double compétence, dans la discipline d'une part et en informatique d'autre part. Il devient dès lors capable de participer activement au développement de nouveaux produits.

C'est dans ce contexte que la Bibliothèque de la Faculté de Médecine de l'Université de Liège a récemment initié un programme de recherche en informatique médicale.

L'objectif précis est de construire un site Web de "Médecine Basée sur des Preuves", consacré au problème du diagnostic et du pronostic du cancer de la prostate.

Les objectifs généraux sont de créer à la bibliothèque un centre de référence en matière d'édition sur le Web et de promouvoir la pratique de la médecine factuelle, dans l'espoir d'installer un véritable partenariat entre la bibliothèque et les services cliniques.

L'objectif à long terme est de participer activement à l'enseignement de la médecine basée sur des preuves.

Les pages qui suivent comprennent une introduction rapide à la médecine basée sur des preuves, une description du site et des critères de qualité retenus et surtout une revue des logiciels utilisés.

2. Introduction à la "Médecine Basée sur des Preuves"

La "Médecine Basée sur des Preuves" ou EBM pour "Evidence-Based Medicine", qui désignait, au départ, une stratégie d'apprentissage des connaissances cliniques (1), fait maintenant partie intégrante de la pratique médicale. Elle consiste à baser les décisions cliniques, non seulement sur les connaissances théoriques, le jugement et l'expérience qui sont les principales composantes de la médecine traditionnelle, mais également sur des "preuves" scientifiques, tout en tenant compte des préférences des patients (1). Par "preuves", on entend les connaissances qui sont déduites de recherches cliniques systématiques, réalisées principalement dans le domaine du pronostic, du diagnostic et du traitement des maladies et qui se basent sur des résultats valides et applicables dans la pratique médicale courante (1). Les études cliniques considérées sont des essais contrôlés randomisés, des méta-analyses, mais aussi des études transversales ou de suivi bien construites lorsqu'il s'agit d'évaluer un test diagnostique ou de pronostiquer l'évolution d'une maladie (2).

Le concept de "Médecine Basée sur des Preuves" a été créé par des épidémiologistes canadiens de la McMaster Medical School au début des années 1980 (3) puis adopté par la Cochrane Collaboration.(4; 5).

La "Médecine Basée sur des Preuves" est une démarche en quatre étapes (6) dont sont inspirées, notamment, les grilles de lecture proposées dans les "Users' Guides to the Medical literature" (3), à savoir:

i. la formulation claire et précise d'une question clinique à partir d'un problème clinique donné;

ii. la recherche d'articles pertinents dans la littérature (quel article lire ?);

iii. l'évaluation systématique de la validité et de l'intérêt des résultats et l'extraction des preuves qui sont à la base des décisions cliniques (quel article croire ?);

iv. l'intégration de ces preuves dans la pratique médicale courante afin de répondre à la question posée au départ.

En aucun cas, ces "preuves" ne peuvent remplacer le jugement et l'expérience du médecin, ce qui explique que la "Médecine Basée sur des Preuves" complète la pratique médicale traditionnelle mais ne la remplace pas (2). Elle se traduit par une augmentation des connaissances individuelles conduisant à des pronostics, diagnostics et traitements plus efficaces, ainsi qu'à une attitude plus adaptée vis-à-vis de la situation difficile du patient et des préférences de celui-ci concernant son traitement (1). Elle a pour mission d'aider les cliniciens à suivre les développements récents de la médecine.

3. Description du site consacrés aux marqueurs tumoraux du cancer de la prostate.

L'objectif de ce projet est de mettre à la disposition du clinicien une base de données contenant les informations utiles pour évaluer le pronostic des tumeurs de la prostate et adopter la stratégie thérapeutique la plus adaptée et la plus bénéfique pour le patient.

Ce travail est mené en collaboration avec les laboratoires d'Anatomie Pathologique et de Chimie Médicale de l'Université de Liège.

En pratique, chaque protocole de résultats issu de ces services donnera l'adresse du site, ainsi qu'une note explicative du projet.

Au départ d'une page d'accueil, une série de liens "hypertexte" guidera le médecin vers différents types d'information:

i. un modèle de la cancérogenèse prostatique montrant les variables du système, à savoir dans le cas présent, une série marqueurs tumoraux reconnus ou potentiels ainsi que les relations existant entre ces marqueurs et la progression du processus cancéreux;

ii. une introduction à la "Médecine Basée sur des Preuves";

iii. une bibliographie exhaustive des marqueurs tumoraux de la prostate, triée en fonction du modèle;

iv. des guides d'évaluation critique de la littérature, incluant les "Users' Guides to the Medical Literature" publiés dans le JAMA entre 1993 et 1998, ainsi que des explications sur les statistiques médicales;

v. un bilan de la littérature sous forme de "fiches standardisées de présentation des preuves ", de manière à mettre en évidence les nouvelles connaissances et orientations dans le domaine; comme les études publiées sur les marqueurs tumoraux sont souvent contradictoires et arrivent rarement à des stades de validation, il sera nécessaire de développer une démarche de sélection et d'analyse des informations selon le principe de la méta-analyse qualitative (7; 8), utilisée pour synthétiser des études entre lesquelles il existe une grande variabilité; les données cliniques et les résultats pertinents seront présentés sous forme de résumés structurés;

vi. des informations sur les protocoles thérapeutiques en cours;

vii. des informations destinées aux patients, puisqu'il a été démontré que l'information donnée aux patients pouvait avoir un impact favorable sur l'évolution de leur maladie.

4. Critères de qualité d'un site Web

Le format hypertexte et l'Internet sont un moyen idéal d'accès et d'utilisation de données destinées à être régulièrement remises à jour. Il est important de respecter les recommandations développées par OMNI (9), Wyatt (10) et Silberg (11), généralement admises comme critères de qualité de l'information de santé fournie sur l'Internet.

Ces critères de qualité sont repris ci-dessous:

* crédibilité: identification correcte de la source, de la cible du site Web, de la pertinence et de l'utilité du site, de la référence de l'institution, de l'expertise des auteurs, de la présence d'un comité éditorial, des conflits d'intérêt éventuels et de la date de dernière mise à jour;

* contenu: présentation des données les plus fiables en suivant les principes de la "Médecine Basée sur des Preuves" quand c'est possible; intégration dans le site d'un moteur interne de recherche, d'un sommaire, d'une rubrique "quoi de neuf?" et d'une page d'aide; notation des omissions et des exclusions;

* liens hypertexte: mise à jour des liens internes et externes qui amènent tous à des pages terminées;

* présentation du site (design) favorisant l'accès au plus grand nombre d'utilisateurs;

* interactivité: possibilité d'envoyer des commentaires;

* aspects quantitatifs: génération de statistiques d'utilisation du site de manière à évaluer sa popularité et indirectement sa qualité;

* aspects déontologiques: information fournie scientifiquement exacte, exhaustive, actualisée, fiable et intelligible.

5. Choix des outils informatiques utilisés pour la création du site

Les logiciels ont été choisis en fonction d'une double contrainte:

- offrir un maximum de performance tout en restant faciles à utiliser;

- fournir le format le plus transparent possible pour l'utilisateur au niveau de la navigation dans le site et de l'accès aux bases de données.

5A. Éditeur HTML FrontPage98 (Microsoft)

Les petits éditeurs disponibles gratuitement sur l'Internet présentent deux inconvénients majeurs: un manque de convivialité et une programmation en HTML non automatisée qui occasionne une perte de temps considérable.

Le programme Microsoft FrontPage98 présente par contre de nombreux avantages. Il est composé d'un système "Explorateur" qui permet la gestion des fichiers du site et d'un "Éditeur" de type WYSIWYG (What You See Is What You Get) qui prend en charge la création des codes HTML pour la réalisation des pages du site. Il contient également un éditeur d'images qui permet de retoucher facilement différents types d'images et de les convertir aux formats GIF ou JPEG qui sont les deux formats en usage sur l'Internet.

L'"Explorateur" est l'outil qui apporte un plus par rapport aux autres éditeurs HTML, dans la mesure où il prend en charge un maximum de fonctions:

i. gérer le téléchargement des pages sur le serveur http qui héberge le site, avec la possibilité de copier uniquement les dernières pages modifiées (commande "Publier le site Web FrontPage");

ii. gérer facilement les fichiers du site (deux modes possibles: mode "Dossier" et mode "Tous les fichiers");

iii. visualiser les filiations entre les différentes pages du site (mode "Navigation");

iv. visualiser les liens hypertexte qui pointent vers une page donnée et ceux qui pointent de cette page vers d'autres pages du site et les sites extérieurs ("Liens hypertexte");

v. vérifier automatiquement les liens hypertexte internes et externes au site (commande "État des liens hypertexte");

vi. gérer automatiquement les liens hypertexte: en cas de changement d'un nom de fichier, il met à jour automatiquement les liens hypertexte qui y font référence;

vii. utiliser des thèmes qui permettent d'ajouter des éléments de page graphiques, tels que des puces et des arrière-plans;

viii. réaliser automatiquement une série de tâches, telles que la vérification automatique de l'orthographe; la recherche et le remplacement d'un mot dans toutes les pages;

ix. utiliser des bordures partagées pour faire apparaître les mêmes mentions sur chaque page du site (par défaut) ou sur la page active uniquement.

La partie "Éditeur" correspond à un éditeur de type WYSIWYG qui permet de gagner du temps dans la réalisation des pages HTML. Il facilite un certain nombre de fonctions et permet entre autres de:

i. créer des pages de format prédéfini: accusé de réception, assistant création de formulaire, bibliographie;

ii. réaliser aisément des liens hypertexte et des ancres;

iii. créer et gérer automatiquement des formulaires;

iv. créer un moteur interne de recherche au niveau du site qui permet de retrouver n'importe quelle information publiée sur celui-ci;

v. créer rapidement des tableaux et des pages de cadres;

vi. insérer facilement des images avec possibilité de changer le contraste ou la luminosité;

vii. gérer aisément des listes numérotées, des listes à puces;

viii. utiliser des fichiers volumineux;

ix. introduire automatiquement les dates de dernières mises à jour;

x. construire rapidement le sommaire du site;

xi. introduire des éléments actifs, tels que du texte défilant, des enchaînements d'images, un compteur d'accès;

xii. corriger l'orthographe de la page en cours.

5B. Programme de gestion des références bibliographiques: Reference Manager ("Research Information System" ou RIS: http://www.risinc.com/ )

Il s'agit d'un programme de gestion de références bibliographiques qui possède un certain nombre de fonctions permettant de:

Construire une base de données bibliographiques:

i. récupération de citations d'un grand nombre de bases de données bibliographiques fournies sur différents supports (CD-ROMs ou bases de données en ligne via l'Internet) grâce à la présence d'un grand nombre de filtres différents. Ces filtres peuvent être modifiés en fonction des besoins;

ii. entrée manuelle des citations;

iii. connexion possible à une page Web en cliquant sur l'adresse éventuellement présente dans le champ "Web/URL";

iv. possibilité de copier des références d'une base de données à l'autre;

v. assignation automatique de mots-clés par le programme.

Rechercher des références et générer une bibliographie:

1. création de stratégies de recherche avec possibilité de les sauvegarder;

2. recherches réalisées à travers plusieurs bases de données;

3. visualisation des résultats de la recherche;

4. création d'une bibliographie à partir d'une liste de références;

5. création d'une bibliographie en langage HTML;

6. création d'un dictionnaire de synonymes pour les champs des auteurs, des mots-clés et des journaux;

7. exportation des citations dans le format correspondant au journal ("Output Style") où l'article doit être soumis: possibilité d'utiliser un style existant ("Open Output Style") ou de créer son propre style ("New Output Style").

Préparer une bibliographie à partir des éditeurs de texte Word ou WordPerfect.

Il est possible de personnaliser l'installation de "Reference Manager" de manière à établir un lien avec les éditeurs Word et WordPerfect. Les citations sont insérées dans le texte directement à partir de la base de données. La bibliographie est automatiquement mise en page et toute modification apportée au texte se répercute dans l'ordre d'apparition des citations. Il est en outre possible d'éditer les références dans un style imposé par les éditeurs ("Output Style").

Avantages: Reference Manager présente de nombreux avantages par rapport à des bases de données non bibliographiques de type File Maker Pro ou Access. En effet, pour importer des citations de Medline ou d'ailleurs dans ce type de bases de données non spécialisées, il est nécessaire de retravailler préalablement les citations dans un programme de traitement de texte de manière à délimiter les différents champs. Cette étape supplémentaire entraîne des erreurs et une perte de temps considérable. Par contre, l'importation de références avec des produits ad hoc comme Reference Manager est quasi instantanée, grâce à la présence de filtres spécifiques.

Voici quelques exemples de filtres à utiliser pour les bases de données suivantes:

Par rapport à un produit concurrent comme EndNote (firme "Niles Software Inc.": http://www.niles.com/ ), Reference Manager offre la possibilité de personnaliser le mode de visualisation et de sauvegarder des stratégies de recherche.

De plus, Reference Manager (version 8.5) présente l'avantage majeur de pouvoir ouvrir des bases de données de type EndNote et ProCite (firme RIS) en lecture seule et même de les convertir en bases de données de type Reference Manager.

5C. Programme Reference Web Poster (firme RIS) qui permet de publier des bases de données bibliographiques sur l'Internet

La firme RIS a développé une interface appelée Reference Web Poster qui permet d'interroger au départ du Web des bases de données de type Reference Manager, EndNote et ProCite et de réaliser des recherches dans plusieurs bases de données simultanément.

Le grand avantage de Reference Web Poster est sa facilité d'utilisation. Il permet de réaliser une recherche en mode simple ou avancé, de sélectionner les références intéressantes de manière à pouvoir les imprimer ou les récupérer dans un programme de gestion de références bibliographiques, comme Reference Manager, EndNote et ProCite.

Étant donné le choix du produit Reference Web Poster de la firme RIS pour publier les bases de données bibliographiques sur l'Internet, il apparaissait également plus judicieux de choisir le programme de gestion des références bibliographiques de la même firme.

6. Conclusions

Ce projet consiste donc en un travail de recherche, d'analyse et de digestion des informations sur le cancer de la prostate. L'objectif de ce travail, qui s'adresse à un public de cliniciens, est de les aider à surmonter les barrières qui les empêchent de consulter la littérature, de leur fournir les informations les plus fiables possibles en suivant les principes de la "Médecine Basée sur des Preuves" et de faire bénéficier les patients des derniers résultats de la recherche biomédicale.

Outre l'aspect analytique, le travail a consisté à exploiter une série d'outils informatiques pour concevoir une structure de site Web offrant aux utilisateurs une navigation facile et efficace:

* en réalisant toutes les pages de manière identique avec un sommaire en début de chaque document qui amène directement au paragraphe via un lien hypertexte;

* en offrant une assistance maximale à l'utilisateur pour naviguer dans le site: page d'aide, sommaire, moteur interne de recherche, possibilité de poser des questions;

* en présentant des liens intéressants vers des sites d'urologie, de cancérologie, les bases de données Medline sur le Web, les tables des matières des journaux indexés dans Medline;

* en résumant les documents volumineux sous forme de diapositives;

* en proposant la bibliographie sous forme de bases de données et non sous forme de listes.

L'accès au site sera possible dans le courant du mois de janvier 1999 au départ de la page d'accueil de la Bibliothèque de la Faculté de Médecine de l'Université de Liège: http://www.ulg.ac.be/libnet/ud04.htm.

Bibliographie

1. Anonymous. Evidence-based medicine. A new approach to teaching the practice of medicine. Evidence-Based Medicine Working Group [see comments]. JAMA. 1992;268:2420-5.

2. Rosenberg W, Donald A. Evidence based medicine: an approach to clinical problem-solving [see comments]. BMJ. 1995;310:1122-6.

3. Sackett DL, Rosenberg WM, Gray JA, Haynes RB, Richardson WS. Evidence based medicine: what it is and what it isn't [editorial] [see comments]. BMJ. 1996;312:71-2.

4. Sackett DL. The Cochrane Collaboration [editorial]. ACP Journal Club. 1994;120 Suppl 3:A11-Jun

5. Chalmers I. The Cochrane collaboration: preparing, maintaining, and disseminating systematic reviews of the effects of health care. [Review] [14 refs]. Annals of the New York Academy of Sciences. 1993;703:156-63.

6. Rosenberg WM, Sackett DL. On the need for evidence-based medicine. [Review] [22 refs]. Therapie. 1996;51:212-7.

7. D'Agostino RB, Weintraub M. Meta-analysis: a method for synthesizing research. [Review] [30 refs]. Clinical Pharmacology & Therapeutics. 1995;58:605-16.

8. Bland CJ, Meurer LN, Maldonado G. A systematic approach to conducting a non-statistical meta-analysis of research literature. [Review] [14 refs]. Academic Medicine. 1995;70:642-53.

9. OMNI (Organising Medical Networked Information). OMNI guidelines for Resource Evaluation. URL: http://omni.ac.uk/agec/evalguid.html

10. Wyatt JC. Commentary: measuring quality and impact of the World Wide Web [comment] [see comments]. BMJ. 1997;314:1879-81. URL: http://www.bmj.com/archive/7098ip2.htm

11. Silberg WM, Lundberg GD, Musacchio RA. Assessing, controlling, and assuring the quality of medical information on the Internet: Caveant lector et viewor--Let the reader and viewer beware [editorial] [see comments]. JAMA. 1997;277:1244-5. URL: http://www.ama-assn.org/sci-pubs/journals/archive/jama/vol_277/no_15/ed7016x.htm

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Last Updated March 22, 1999 by Suzanne Bakker